Telefonia internetowa może być wykorzystywana przez cyberprzestępców do kontrolowania sieci komputerów-zombie. Potencjalnie niebezpieczną aplikacją jest popularny komunikator Skype
Możliwość uzyskiwania połączeń w Skypie nawet pomiędzy komputerami zabezpieczonymi firewallem - jest zarazem furtką, z której mogą korzystać przestępcy. Można sobie wyobrazić mechanizm, w którym przejęta wcześniej przy pomocy koni trojańskich sieć komputerów (tzw.

|
botnet) jest sterowana za pomocą komend przekazywanych poprzez komunikator VoIP. Typowe firewalle nie wystarczą, aby odciąć komputery-zombie od kontrolującego je za pomocą Skype hakera.
Użycie Skype jako sposobu na kontrolę nad botnetem jest o tyle niebezpieczne, że nie pozostawia śladów, po których można dotrzeć do przestępcy. Zwykle sieci komputerów-zombie są sterowane za pomocą usługi IRC, której protokół jest publicznie znany, a trasa poszczególnych pakietów danych stosunkowo łatwa do śledzenia. Tymczasem schemat działania Skype jest dobrze strzeżoną przez firmę tajemnicą, a sama komunikacja głosowa wiąże się z transmisją dużych ilości danych, w których można bez trudu ukryć niebezpieczne komendy.